Die Geschichte Puente Genils ist geprägt von dem Fluss, der dieser Stadt nicht nur ihren Namen gab, sondern auch seit der Antike einen starken Einfluss auf die Region ausgeübt hat.
Die Gründung der Stadt geht auf die administrative und demografische Zusammenführung des Dorfes Ponton de Don Gonzalo, das zu Zeiten Ferdinands III. unter Gonzalo Yañez Dovinar gegründet wurde und sich am rechten Ufer oder der Cordobesa des Flusses Genil befand, und der kleinen Siedlung namens BARRIO DE MIRAGENIL auf der gegenüberliegenden Flussseite, die administrativ zur Provinz Sevilla gehörte.
Unter der Herrschaft von Mª Cristina (1834) kommt es zu besagter Zusammenführung beider Ortschaften, die heute die Stadt Puente Genil bilden. Derzeit verfügt die Stadt über 30.000 Einwohner.