Eine Stadt mit einer jahrtausendealten Geschichte und einer Vielzahl von archäologischen Stätten von denen der Archäologiepark Torreparedon sicherlich am Bedeutsamsten ist. In ihrer Altstadt sind Teile der alten Festung und Straßen der arabischen Medina erhalten geblieben. Baena ist eine Stadt mit einer langen Tradition im Olivenanbau und die Region führt die älteste geschützte Ursprungsbezeichnung Spaniens.

Der Name der Stadt geht zurück auf das Wort, Baius, dem Namen eines Besitzers einer „villae“ in der Region. Sie erlangt im 8. Jahrhundert große Bedeutung als ein großer Teil der über das Umlands verteilten Bevölkerung den veralteten iberisch römischen Stadtkern von Iponuba in drei Kilometer Entfernung verlässt, und sich dort ansiedelt.

Im Jahre 1241 unterwirft sich Baena König Ferdinand III. Es entsteht eine Gemeinschaft von Siedlern aus Kastilien und Leon, Mudejaren und Juden, die aufgrund der geografischen Nähe der Stadt zu Granada die Härten des Lebens in einer Grenzregion erleiden müssen.

Heute zählt die Stadt 21.000 Einwohner.