L’histoire de Baena est parallèle à celle de la rivière Guadajoz, qui la traverse du sud-ouest à l’ouest et dont l’affluent, la rivière Marbella, baigne la ville elle-même. La particularité de ses eaux et de son sol a permis de créer un paysage unique. La CUEVA DEL YESO en est un exemple, située à huit kilomètres de Baena, dans la zone connue sous le nom de Puente de la Maturra. Cette cavité de 2 562,7 mètres, qui est la plus grande de la province de Cordoue, abrite cinq types différents de chauves-souris ainsi que plusieurs espèces de crevettes uniques au monde.
D’autres zones, comme les LAGUNES DE LA QUINTA ET CELLES DU RINCÓN DEL MUERTO, toutes deux incluses dans le Plan Andalou des Zones Humides, constituent deux ressources de grande valeur écologique qui servent de lieux de repos, d’alimentation et de reproduction aux oiseaux migrateurs tels que les hérons cendrés et les flamants roses.
Le RÉSERVOIR DE VADOMOJÓN, quant à lui, est l’un des plus importants du bassin du Guadalquivir et sa mise en œuvre a permis le développement des sports nautiques et des activités de pêche dans la région. Les trésors naturels de Baena comprennent également la VÍA VERDE DEL ACEITE, qui va du centre-ville à l’ancienne gare en suivant l’ancienne voie ferrée et qui peut être parcourue à pied, à vélo ou à cheval.