Baena se situe dans la comarca de Guadajoz-Campiña Este. Son histoire est liée au fleuve Guadajoz, qui traverse la commune de façon quasi transversale, du Sud-ouest à l’Ouest, et à son affluent le fleuve Marbella, qui arrose la zone urbaine proprement dite. La région possède un riche patrimoine naturel, fruit de l’influence de l’être humain sur son environnement et de la composition particulière des eaux et du sol (eaux salubres et sol calcaire). La faune et la flore sont tributaires de ces caractéristiques paysagères, telles que la Cueva del Yeso ou les lagunes de la Quinta et du Rincón del Muerto, qui ont été intégrées du Plan andalou pour les zones humides et le réservoir de Vadomojón.

La Cueva del Yeso est une grotte sur le point d’être ouverte au public, et se situe à 8 kilomètres de Baena, dans les environs du Puente de la Maturra. Longue de 2,5627 km, cette grotte est le plus bel exemple de cavernement de la province de Cordoue. Elle est en effet la troisième plus grande cavité en gypse d’Andalousie, et la quatrième de tout le pays. La grotte abrite des colonies de cinq espèces de chauves-souris et de plusieurs espèces de bouquets (crevettes roses) qui y sont endémiques.

Les lagunes sont, quant à elles, des zones humides d’une grande importance écologique, puisque les oiseaux migrateurs s’y reposent et s’y reproduisent, d’où leur intérêt pour l’observation des oiseaux. La Laguna de la Quinta se situe le long de la route menant à Fuentidueña, et se distingue par la multitude de hérons cendrés et de flamants roses qu’elle accueille. Cinq cents mètres plus loin se trouve la Laguna del Rincón del Muerto, une importante zone humide où se reproduisent, se reposent et se nourrissent des oiseaux aquatiques, tels que des échasses blanches, des busards des roseaux, des hérons cendrés et des flamants roses.

Inauguré en 1988, le réservoir de Vadomojón a donné naissance à un nouvel écosystème. Frontalier des provinces de Jaén et Cordoue, il possède une capacité de 163 millions de mètres cube, recouvre une superficie de 782 hectares et constitue l’un des plus importants réservoirs du bassin du Guadalquivir. Cet ouvrage s’est accompagné du développement d’activités nautiques sportives et de la pêche dans la région, devenant même l’un des hauts lieux de la pêche de la province de Cordoue.

Baena possède par ailleurs un « couloir vert », la Vía Verde Guadajoz-Subbética. Il permet de partir à la rencontre de la nature depuis le centre-ville, en passant par l’ancienne gare de Baena puis en suivant le tracé de l’ancienne voie ferroviaire. Ce sentier est conçu pour être parcouru à pied, en vélo ou à cheval, et se termine à la gare de Luque, où il rejoint la Vía Verde de la Subbética.