Die Geschichte Puente Genils ist geprägt von dem Fluss, der dieser Stadt nicht nur ihren Namen gab, sondern auch seit der Antike einen nachhaltigen Einfluss auf die Region und die Geschichte der Stadt ausgeübt hat. Wahrscheinlich ist die Brücke, die den Genil überquert aufgrund seines Symbolwerts das bedeutsamste Bauwerk der Stadt, die erstmals 1561 errichtet wurde. Das städtische Museum MUSEO HISTÓRICO LOCAL zeigt verschiedene Funde aus Ausgrabungen in der Umgebung, die vom Altpaläolithikum bis ins Mittelalter reichen. Von besonderem Interesse sind die römischen Fundstücke von FUENTE ÁLAMO, die hispanisch-westgotischen Funde der NECRÓPOLIS LOS CASTELLARES und die arabischen aus der Burg CASTILLO ANZUR, einem arabischen Wachturm aus dem 10. Jahrhundert der über der Stadt und der Umgebung thront.

Der sicherlich interessanteste Ort ist die Fundstätte und gleichzeitig Interpretationszentrum der römischen Stadt VILLA ROMANA DE FUENTE ÁLAMO aus dem 4. Jahrhundert n. Ch., dessen Mosaike in der Fundstätte ausgestellt werden.
Von seinen Sakralbauten sind besonders die Pfarrkirche PARROQUIA DE NUESTRA SEÑORA DE LA PURIFICACIÓN, die Pfarrkirche JESÚS NAZARENO und die Klosterkirchen SAN FRANCISCO DE LA ASUNCIÓN und SAN FRANCISCO DE LA VICTORIA oder das Heiligtum SANTUARIO DE LA PURÍSIMA CONCEPCIÓN ein Muß. Puente Genil war führend während der Industrialisierung des 19. Jahrhunderts. Belege hierfür finden sich heute noch in der Architektur der Stadt, wie beispielsweise in den Fabriken ALIANZA, NUESTRA SENORA DEL CARMEN und AURORA. DEL CARMEN y la AURORA.