Die Pfarrkirche Mariä Reinigung ist die älteste Kirche in Puente Genil und war bis zur zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts die einzige Pfarrkirche des Ortes. Ihre ursprüngliche Gründung geht vermutlich auf die erste Wiederbesiedlung in der zweiten Hälfte des 13. Jahrhunderts zurück, obwohl aus dieser Zeit nichts erhalten ist, da das Gebiet als Grenzregion zum Nasridenreich von Granada ständigen Überfällen der Muslime ausgesetzt war. Das heutige Gebäude stammt wahrscheinlich aus dem frühen 16. Jahrhundert, als die Pontón de Don Gonzalo, benannt nach ihrem Gründer Don Gonzalo Yáñez Dovinal, allmählich dauerhaft besiedelt wurde. Das älteste Taufregister stammt aus dieser frühen Zeit. Von dem ursprünglichen Gebäude sind neben den drei Schiffen, die wir heute kennen, und einigen verloren gegangenen Altarbildern nur noch ein Altarbild aus dem 16. Jahrhundert erhalten, das allerdings stark verändert wurde. Dieses Altarbild beherbergte einst mehrere bemalte Tafeln und zeigt heute ein Andachtsbildnis Unserer Lieben Frau vom Rosenkranz von Olot. Das darauffolgende Altarbild ist dasjenige, das derzeit die Schmerzensmutter zeigt und aus der Zeit um 1640 stammt. Es ist im Barockstil gehalten und bis auf die kleinen Atlanten-Cherubim, die die salomonischen Säulen tragen, nicht polychrom.
Im letzten Drittel des 19. Jahrhunderts wurde die gesamte Kirche umfassend renoviert, mit Ausnahme ihrer beiden separaten Kapellen: der Kapelle Unserer Lieben Frau vom Berge Karmel (auch bekannt als Seelenkapelle), erbaut in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts, und der Kapelle des Allerheiligsten Sakraments, erbaut im vorangegangenen Jahrhundert. Der Ingenieur Ricardo Moreno leitete die Renovierung, die die Anfertigung eines neuen Hauptaltars, die Erneuerung der Dächer und die Ausschmückung des Innenraums mit großformatigen Gemälden lokaler Künstler wie Juan Montilla und Manuel Pérez de Siles umfasste. Auch die Haupt- und Seitenportale aus Stein wurden in dieser Zeit errichtet. Der Turm war bereits 1826 erbaut worden. Im Inneren der Kirche befindet sich eine bedeutende Silbersammlung und mehrere Skulpturen von außergewöhnlicher Qualität, darunter die Unbefleckte Empfängnis des berühmten Barockbildhauers Pedro Duque Cornejo.