Die Klosterkirche Madre de Dios in Baena liegt im Herzen der Almedina, zwischen den Burgruinen und der Kirche Santa María La Mayor. Sie wurde 1.510 gegründet. Ihr Grundriss besteht aus einem einzigen Langhaus und einem Querschiff mit angebauten Kapellen, die von einem Tonnengewölbe mit Lünetten überspannt werden.
Die Klosterkirche besitzt zwei Türen, die zum bereits erwähnten Atrium führen; die erste gehört zum ursprünglichen Bauwerk und stammt aus der Zeit der Katholischen Könige. Die andere, im klassischen Stil gehalten und von geringerer Qualität, wurde im 17. Jahrhundert hinzugefügt.
Neben dem Gemälde, das den Hauptaltar dominiert, umfasst der Altarraum 64 weitere Gemälde, darunter die beiden Leinwände im unteren Bereich. Diese werden der Werkstatt von Bossanos zugeschrieben und zeigen die Erscheinung des Herrn und die Anbetung der Hirten. Der im Platereskenstil gestaltete Chor befindet sich am Fuße der Kirche. Seine geschnitzten Holzstühle aus dem 16. Jahrhundert werden von Säulen mit Balustraden und ionischen Kapitellen getrennt und von einem Giebel mit Büsten der Apostel, Heiligen und Kirchenväter bekrönt.