Seit dem späten 16. Jahrhundert bestand in Puente Genil der Wunsch, ein dem Heiligen Franz von Paola geweihtes Kloster zu gründen. Doch erst in der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts, mit der entscheidenden Unterstützung der Stadtherrin, der Markgräfin von Priego, Doña Juana Enríquez de Ribera, konnte dieses Projekt verwirklicht werden. Der Bau des Klosters und der Kirche dauerte die gesamte zweite Hälfte des 17. Jahrhunderts an; der Haupteingang wurde 1707, der Kreuzgang 1725 fertiggestellt.
Das Innere der Kirche war mit Altarbildern geschmückt, vorwiegend aus geschnitztem und vergoldetem Holz. Das bedeutendste ist das Hauptaltarbild, das 1736 von Juan Cazorla, einem Holzschnitzer aus Lucena, geschaffen wurde. Ebenfalls bemerkenswert ist ein kürzlich entdecktes Altarbild, das das Martyrium des Heiligen Judas Thaddäus darstellt und von dem einheimischen Künstler José Antonio Ruiz Rey im 18. Jahrhundert als Fresko gemalt wurde. Das Kloster wurde 1822 erstmals vom Staat beschlagnahmt und sein Besitz verkauft. Die Gemeinschaft kehrte im folgenden Jahr zurück, allerdings mit weniger Mönchen, und blieb bis zu ihrer endgültigen Schließung in dieser Größe.
Das Klostergebäude diente zeitweise als Mietshaus, dann als Schule und sogar als Kaserne und verfiel beinahe. Schließlich erwarb es der erste Graf von Casa-Padilla und ließ es restaurieren, um es als Residenz umzubauen. Daher befindet sich auch das Wappen über dem Eingang. Heute ist das Gebäude im Besitz der Diözese Córdoba, die es an die Stadtverwaltung von Puente Genil verpachtet hat. Diese nutzt es für das Archäologische Museum, die Städtische Musikschule und weitere städtische Ämter.