Obwohl der Ursprung des heutigen Standorts von Baena in einer arabischen Burg namens Bayyana zu verorten ist, die bereits im 9. Jahrhundert urkundlich erwähnt wurde, hat die Archäologie bisher keine Beweise für eine islamische Besetzung, weder durch ein Emirat noch durch einen Kalifen, erbracht.
Die Muslime von Baena übergaben die Stadt 1241 im Rahmen eines Paktes an Ferdinand III. Von da an begann ein langsamer Prozess der Herrschaftserrichtung, in dessen Verlauf der Bau der Festung, die an der Grenze zum Nasridenreich Granada lag, eine bedeutende Rolle spielte. Verlässliche Daten zum Baudatum der Festungsmauer von Almedina liegen nicht vor, doch einige Elemente, wie die abgewinkelten Eingänge des Arco de Consolación und des Arco Oscuro, scheinen auf die Almoraviden bzw. Almohaden zurückzuführen zu sein.
Das bis heute erhaltene Schloss Baena, am östlichen Ende der Almedina-Anlage gelegen, scheint ein rein christliches Bauwerk aus dem 14. und 15. Jahrhundert zu sein. Sein heutiger Erhaltungszustand ist aufgrund der Abrisse im 20. Jahrhundert beinahe ruinös.
Das Restaurierungsprojekt wird das ursprüngliche Erscheinungsbild der Festung weitgehend wiederherstellen. Archäologische Ausgrabungen haben mehrere Wohngebäude aus der letzten Besiedlungsphase (spätes 19. und frühes 20. Jahrhundert) sowie mehrere Tore freigelegt, insbesondere das in der Südmauer gefundene, das auf das 14. Jahrhundert datiert werden könnte.