Die Geschichte von Baena ist eng mit der Geschichte des Flusses Guadajoz verknüpft, der die Stadt vom Südwesten bis Westen durchquert und dessen Zufluss, die Marbella die Innenstadt teilt. Die besonderen Eigenschaften seiner Flüsse und seines Bodens bilden eine einzigartige Landschaft. Ein Beispiel sind die Tropfsteinhöhle CUEVA DEL YESO, die sich 8 Kilometer von Baena entfernt in Puente de la Maturra befindet. Diese 2.562,7 Meter lange Höhle ist die Größte in der Provinz Cordobas und beheimatet fünf Arten von Fledermäusen, sowie verschiedene Garnelenarten, die nur hier zu finden sind.

Andere Naturräume wie LAGUNAS DE LA QUINTA und RINCÓN DEL MUERTO, die beide Teil des Programms zum Schutz der Feuchtgebiete in Andalusien sind haben eine immense ökologische Bedeutung für die Erholung, Ernährung und Fortpflanzung von Zugvögeln wie dem Fischreiher und dem rosa Flamingo.

Der Staudamm EMBALSE DE VADOMOJÓN ist ein weiterer wichtiger Naturraum im Guadalquivirtal, der sich für Wassers- und Angelsport eignet. Zu den großen Naturschätzen Baenas zählt ebenso die VÍA VERDE GUADAJOZ-SUBBÉTICA, die von der Innenstadt bis zum alten Bahnhof entlang einer alten Bahnstrecke verläuft und die man zu Fuß, mit dem Fahrrad oder zu Pferd zurücklegen kann.