Die Geschichte von Baena verläuft parallel zu der des Flusses Guadajoz, der die Stadt von Südwesten nach Westen durchquert und dessen Zufluss, der Fluss Marbella, den Stadtkern selbst umspült. Die Besonderheit der Gewässer und des Bodens haben es ermöglicht, eine einzigartige Landschaft zu schaffen. Ein Beispiel hierfür ist die Höhle CUEVA DEL YESO, acht Kilometer von Baena entfernt und in der Gegend von Puente de la Maturra gelegen. Diese mit 2.562,7 Metern größte Höhle der Provinz Córdoba beherbergt fünf verschiedene Fledermausarten sowie mehrere weltweit einzigartige Garnelenarten.

Andere Gebiete, wie zum Beispiel die Lagunen LAGUNA DE LA QUINTA und die LAGUNA DEL RINCÓN DEL MUERTO, die beide in die Karte andalusischer Feuchtgebiete aufgenommen wurden, haben großen ökologischen Wert, da sie Zugvögeln wie Graureihern und Rosaflamingos als Rast-, Futter- und Brutplatz dienen.

Der Stausee EMBALSE DE VADOMOJÓN ist einer der wichtigsten Stauseen im Einzugsgebiet des Guadalquivir, dessen Bau die Entwicklung des Wassersports und der Fischerei in diesem Gebiet ermöglicht hat. Zu den Naturschätzen von Baena gehört auch der BAHNTRASSENWEG DES OLIVENÖLS (Vía verde del Aceite), der vom Stadtzentrum zum alten Bahnhof entlang der alten Bahnlinie verläuft und zu Fuß, mit dem Fahrrad oder auf dem Rücken eines Pferdes erkundet werden kann.