La historia de Baena discurre paralela a la del río Guadajoz, que la atraviesa de suroeste a oeste y cuyo afluente, el río Marbella, baña el propio núcleo urbano. La particularidad de sus aguas y su suelo han hecho posible la configuración de un paisaje único. Ejemplo de ello es la CUEVA DEL YESO, a ocho kilómetros de Baena y ubicada en el entorno conocido como Puente de la Maturra. En esta cavidad de 2.562,7 metros, que representa el mayor exponente en cavernamiento de la provincia de Córdoba, viven cinco tipos diferentes de murciélagos además de varias especies de gambas únicas en el mundo.

Otros espacios, como las LAGUNAS DE LA QUINTA Y LA DEL RINCÓN DEL MUERTO, ambas incluidas en el Plan Andaluz de Humedales, constituyen dos recursos de gran valor ecológico que sirven para el descanso, alimentación y reproducción de aves migratorias como garzas reales y flamencos rosados.

El EMBALSE DE VADOMOJÓN, por su parte, es uno de los más importantes de la cuenca del Guadalquivir y su puesta en marcha ha permitido el desarrollo de actividades náuticas deportivas y de pesca en la zona. Baena cuenta también entre sus tesoros naturales con la VÍA VERDE DEL ACEITE, que recorre desde el núcleo urbano hasta la vieja estación de tren el antiguo trazado ferroviario y que puede disfrutarse a pie, en bici o a caballo.